Il cammino della Federazione SCS/CNOS parte da lontano. Dal desiderio di alcuni salesiani impegnati nel settore del disagio giovanile e dalle Ispettorie Salesiane d’Italia di dare visibilità alle esperienze con i ragazzi in situazione di povertà e di esclusione sociale. E' stata una "animazione dal basso", dove si sono mescolati e saldati la prassi quotidiana delle singole esperienze, una voglia di collegamento per dare vigore alle sperimentazioni, la ricerca di conferme istituzionali, il bisogno di confronto, il desiderio di coinvolgere altri.

I primi passi risalgono agli inizi degli anni ’70 (dicembre 1973, Roma, primo raduno dei salesiani impegnati nell'emarginazione, seguito da Verona 1974, Foggia 1975, Verona 1976); nell’84, a Cison di Valmarino, c’è stato quello che può essere definito il primo incontro nazionale. Questi i temi trattati: attenzione alla storia delle presenze, il confronto con le conclusioni del Capitolo Generale XXII, le nuove forme di volontariato, la proposta di costituire una "Conferenza nazionale su Salesiani ed Emarginazione".

Tappa di fondamentale importanza sarà nel 1988 (anno centenario della morte di don Bosco), la lettera CARISSIMI rivolta all’intera Famiglia Salesiana, scritta da alcuni confratelli che operano nel campo dell’emarginazione giovanile. Scrivono per: "cercare di farci conoscere, per ... Fermarci a considerare dove siamo incamminati. Le urgenze gravissime ... Ci impediscono di far passare la cronaca in cultura. Invece è un'operazione quanto mai necessaria ed urgente sotto ogni punto di vista" (dall'introduzione) e nel 1989 a Roma, durante la XXII Assemblea della Conferenza nazionale delle Ispettorie (CISI), viene presentata una prima mappa delle presenze. Durante questo incontro si mette in evidenza la necessità di realizzare una conoscenza corretta del territorio, la formazione dei confratelli, e soprattutto, dotarsi di un progetto organico per la devianza e di una consulta nazionale. L'assemblea CISI istituisce il collegamento per "Disagio ed emarginazione giovanile".

Nel 1990, esce il documento “Droga e legge: la posizione dei salesiani”. E’ il primo esempio di intervento pubblico su un tema così dibattuto. Nel 1997 il Rettor Maggiore, Don Juan Edmundo Vecchi, scrive la lettera sulle povertà: “Si commosse per loro (Mc 6, 34). Nuove povertà, missione salesiana e significatività”.

Se la Consulta “Disagio ed emarginazione giovanile” ha risposto all'esigenza di visibilità nel mondo salesiano, rimaneva il problema del collegamento con la rete politica e sociale a livello nazionale, si è pensato così di dar vita ad una FEDERAZIONE. Una proposta che viene lungamente analizzata negli incontri di settore per predisporre uno strumento giuridico, più ampio possibile che assicuri fedeltà al carisma salesiano. Così nel Luglio 1993 si costituisce la Federazione Servizi Civili e Sociali (SCS) promossa dal Centro Nazionale Opere Salesiane (SCS/CNOS) con due filoni di intervento: obiezione di coscienza e servizio civile, disagio ed emarginazione giovanile. Sono soci le Ispettorie Salesiane e le associazioni ed opere attive nel settore del disagio. Ad oggi La Federazione è cresciuta, e conta attualmente 80 enti federati (organizzazioni di volontariato, cooperative sociali, enti ecclesiastici, associazioni di promozione sociale), 1200 volontari, 280 dipendenti, 600 volontari del servizio civile.
Inoltre, in questi anni la Federazione SCS/CNOS si è impegnata attivamente nella promozione del non profit e della società civile, è stato ente fondatore del Forum Permanente del Terzo Settore e della CNESC (Conferenza Nazionale Enti Servizio Civile).