Per raggiungere questi obiettivi la Federazione è operativamente strutturata in settori di attività omogenei, questa modalità organizzativa consente una migliore organizzazione del lavoro ed una maggiore capacità di realizzare analisi di situazioni e problemi e di dare risposte alle diverse necessità.

Attualmente la Federazione è organizzata in 3 settori:

1. Emarginazione e disagio giovanile:
con la finalità di coordinare le attività ed esperienze già esistenti in questo settore (comunità per minori, centri diurni, educativa territoriale) e di promuovere e avviare, direttamente ed in collegamento con altri enti, iniziative, attività e progetti a favore dei minori e giovani a rischio di esclusione sociale.

2. Servizio Civile Nazionale e Volontariato Sociale:
è l’impegno a diffondere una cultura, specialmente tra i giovani, basata sulla solidarietà e sulla cittadinanza attiva. Se storicamente la Federazione ha collaborato con le Ispettorie Salesiane all’organizzazione e gestione dei giovani che sceglievano l’obiezione di coscienza al servizio militare, ora questo impegno si esplicita nella promozione del Servizio Civile Nazionale (a base volontaria) e del Volontariato Europeo.

3. Oratori:
è il settore più giovane, è “l’oratorio oltre i cancelli”, nato per rispondere alle esigenze degli oratori che intendono attivare iniziative nei campi più specificamente sociali aprendosi ai bisogni del territorio e dei minori che vivono in condizioni di disagio.